一、从旗舰店、专卖店与专营店三者的区别主要有：
1、定义上的区别。
旗舰店：天猫旗舰店是商家以自有品牌（商标为R或TM状态）入驻天猫开设的店铺，称为该品牌的“官方旗舰店”。
专卖店：商家持品牌授权文件在天猫开设的店铺，，在淘宝商城开设该品牌的店铺，称为“品牌专卖店”。
专营店：经营天猫同一招商大类两个及以上品牌商品的店铺，此类店铺称为“专营店”。
二、在经营主体上的区别是：
旗舰店：自有品牌企业(品牌须为申请开店的企业所有或企业法定代表人所有)。
专卖店：取得该品牌所有者或公司正式授权的企业法人。
专营店：在中国大陆注册的企业法人。
三、在经营范围上的区别：
旗舰店：天猫旗舰店可以经营同一品牌、同一个一级类目下的所有产品，或者是经营多个自有品牌商品且各品牌归于同一实际控制人。
专卖店：天猫专卖店可以经营一个授权品牌下的同一个一级类目的所有产品，也可以经营多个授权销售品牌的商品且各品牌归于同一实际控制人。
专营店：天猫专营店则可以经营两个以上他人品牌商品，也可以即经营他人品牌商品又经营自有品牌商品，还可以经营两个及以上自有品牌商品。
四、品牌资质上的区别
旗舰店：国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，也就是说要要注册商标。
专卖店：品牌所有者出具的国家商标总局颁发的商标注册证，申请开店企业提供的品牌所有者出具的正规授权书，授权书需无地域限制，且授权有效期不得早于2015年12月31日。品牌所有者若为个人，则需同时提供身份证复印件并在授权书上签字。
专营店：天猫专营店可以经营自有品牌和他人品牌，经营自有品牌需要提供国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，经营他人品牌需要提供具有完整的授权书(即商家提供的授权书要可以逐级逆推回品牌商那里)。
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